13 lipca 1943 roku wojska niemieckie rozpoczęły tam zakrojoną na szeroką skalę operację Hermann (Unternehmen „Hermann”), wymierzoną zarówno w polski, jak i sowiecki ruch oporu. Trwała ona niemal miesiąc – do 10 sierpnia – i przeszła do historii jako klasyczny przykład niemieckiej taktyki „walki z bandytyzmem” (Bandenbekämpfung), w której działania wojskowe ściśle połączono z terrorem wobec ludności cywilnej i rabunkiem zasobów.
Głównym celem operacji Hermann była likwidacja silnych struktur partyzanckich, zarówno polskich (Armii Krajowej), jak i sowieckich, które znalazły schronienie i bazę działania na trudno dostępnym terenie Puszczy Nalibockiej. Niemcy zamierzali również przekształcić cały region w tzw. „martwą strefę” (Todeszone) – pas ziemi pozbawiony mieszkańców i infrastruktury, aby uniemożliwić ponowne zakorzenienie się partyzantów.
Równolegle z działaniami zbrojnymi prowadzono akcję rabunkową na ogromną skalę. Niemieckie formacje policyjne i wojskowe konfiskowały żywy inwentarz, płody rolne i wysyłały dziesiątki tysięcy osób na przymusowe roboty do III Rzeszy.
W momencie rozpoczęcia operacji w Puszczy działały m.in. batalion stołpecki Armii Krajowej oraz sowieckie zgrupowanie partyzanckie dowodzone przez płk. „Dubowa”. Obie formacje, mimo przewagi liczebnej i technologicznej przeciwnika, podjęły próbę walki z otaczającymi je siłami niemieckimi. Początkowe starcia szybko przerodziły się jednak w dramatyczną próbę przerwania kordonu i uniknięcia całkowitego okrążenia.
Batalion AK został częściowo rozbity – zginęło co najmniej 40 żołnierzy, wielu zostało rannych lub zaginęło bez wieści. Szczególnie dotkliwe straty poniosła 3 kompania piechoty, w której służyli głównie dezerterzy z białoruskiej policji pomocniczej. Wśród poległych znaleźli się także dwaj dowódcy kompanii. Niemal 60% uzbrojenia batalionu uległo utracie.
Zgrupowanie sowieckie płk. „Dubowa” również zostało poważnie osłabione. Niemcy rozbili trzy brygady partyzanckie, a straty – według różnych źródeł – sięgały nawet 800 zabitych i kilkuset wziętych do niewoli. Zniszczeniu uległo też znaczące wyposażenie bojowe, w tym działa, ckm-y i rkm-y.
Mimo wszystko obie formacje zdołały przetrwać – rozproszone, zdziesiątkowane, ale nie całkowicie zniszczone.
Najbardziej tragiczne konsekwencje operacji Hermann dotknęły jednak ludność cywilną. Niemcy, zgodnie z taktyką „spalonej ziemi”, całkowicie lub częściowo zniszczyli aż 150 wsi. W samych tylko gminach Iwieniec i Naliboki zagładzie uległy 38 wsi obejmujących około 2000 gospodarstw.
Według źródeł, Niemcy zamordowali od 4199 do 4280 osób — w większości polskich i białoruskich chłopów, w tym kobiety i dzieci. Represjom poddawano szczególnie mężczyzn i młodzieńców podejrzewanych o wspieranie partyzantki. Wiele ofiar zostało powieszonych, rozstrzelanych lub spalonych żywcem. Innych wysyłano do pracy przy umocnieniach na froncie wschodnim, gdzie ginęli bez śladu. Na roboty przymusowe do Rzeszy wywieziono niemal 21 tys. osób, a tysiące kolejnych wysiedlono poza strefę blokady. Pozostałym odebrano dobytek i zmuszono do koczowniczego życia w lasach.
Wśród zamordowanych znalazło się również około 150 członków miejscowej siatki konspiracyjnej AK.
Oficjalne raporty niemieckie przedstawiały operację Hermann jako wielki sukces. Miało w niej zginąć ponad 4 tys. „bandytów”, a kolejne setki trafiły do niewoli. Zdobyto także dużą ilość broni – w tym działa, moździerze i broń maszynową.
Tymczasem zarówno polskie, jak i sowieckie raporty ukazują inny obraz: z jednej strony ogromne straty wśród partyzantów i ludności cywilnej, z drugiej – brak trwałego zwycięstwa nad ruchem oporu. Już pod koniec sierpnia 1943 roku batalion AK zaczął się odtwarzać, a do Puszczy Nalibockiej wróciły jednostki sowieckie. Komenda Okręgu Nowogródzkiego AK skierowała do rejonu trzech „cichociemnych” z Anglii. Do listopada batalion AK liczył już około 400 ludzi.