16 kwietnia 1939 roku na redzie bazy Horten w Holandii podniesiono biało-czerwoną banderę na nowym okręcie podwodnym ORP „Sęp”. Tym samym jednostka oficjalnie rozpoczęła służbę w marynarce II Rzeczypospolitej. Dwa dni później okręt przybył do Gdyni.
Decyzja o budowie nowoczesnych okrętów podwodnych dla Polski zapadła w drugiej połowie lat 30. XX wieku. „Sęp” był jednym z dwóch okrętów typu Orzeł, które miały stanowić nową jakość w polskiej flocie podwodnej. Budowę jednostki rozpoczęto w listopadzie 1936 roku w renomowanej stoczni Rotterdamsche Droogdok Maatschappij w Rotterdamie. Wodowanie odbyło się 17 października 1938 roku, a matką chrzestną została Maria Wodzińska – żona posła RP w Holandii.
Choć okręt nie był jeszcze całkowicie ukończony, to wobec narastającego napięcia międzynarodowego Kierownictwo Marynarki Wojennej podjęło decyzję o jego przejęciu. 16 kwietnia 1939 roku, pod groźbą użycia siły, Polacy przejęli okręt i podnieśli na nim polską banderę, oficjalnie wprowadzając go do służby. Dwa dni później, eskortowany przez ORP „Burza”, „Sęp” zawinął do portu w Gdyni, gdzie dokończono jego wyposażenie.
We wrześniu 1939 roku, w obliczu niemieckiej agresji, ORP „Sęp” wziął udział w realizacji planu „Worek”, mającego na celu obronę wybrzeża przy pomocy polskich okrętów podwodnych. Jednostka przeprowadziła nieskuteczny atak torpedowy na niemiecki niszczyciel „Friedrich Ihn”, a wkrótce potem sama stała się celem nieudanego ataku niemieckiego U-Boota U-14. Mimo uszkodzeń spowodowanych działaniami niemieckich okrętów nawodnych, „Sęp” zdołał przebić się do neutralnej Szwecji, gdzie został internowany aż do końca II wojny światowej.
28 października 1945 roku ORP „Sęp”, pod dowództwem kmdr. por. Władysława Salamona, powrócił do Polski. Już 30 listopada ponownie rozpoczął służbę w strukturach Marynarki Wojennej. W 1951 roku ośmiu członków załogi niesłusznie oskarżono o udział w rzekomym spisku – jeden z nich został stracony, a pozostali skazani na długoletnie więzienie. Ponadto dramatyczny epizod miał miejsce także 3 grudnia 1964 roku – podczas rejsu doszło do eksplozji akumulatorów i pożaru, w wyniku którego zginęło osiem osób.
Po trzech dekadach służby, 2 września 1969 roku ORP „Sęp” został oficjalnie wycofany z eksploatacji, a 15 września skreślony z listy okrętów floty.